С 17 июня 2021 года главным врачом ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Республике Башкортостан» является Скотарева Мария Александровна.

Центр гигиены и эпидемиологии входит в единую федеральную централизованную систему органов и учреждений, осуществляющих государственный санитарно-эпидемиологический надзор в РФ.

Центр проводит комплекс мероприятий и работ, обеспечивающих деятельность Управления Роспотребнадзора по Республике Башкортостан по контролю и надзору, направленному на защиту прав потребителей и благополучие человека.

В Центре и его 6 филиалах трудятся 785 человек.
В структуре Центра координировано работают отделы гигиены, эпидемиологии, физических факторов, отбора проб, отдел микробиологических исследований, отдел санитарно-гигиенических исследований, отделения гигиенического воспитания населения и другие.

Центр имеет орган инспекции для проведения санитарно-эпидемиологических экспертиз, обследований, гигиенических оценок и испытательный лабораторный центр, имеющий в своем составе отделение приема и кодирования проб и 7 лабораторий: